Hamnkapten Tore Carlsson ansvarade för luftskyddet av Mälarehamnen, Saltsjöhamnen och Uthamnen vilka skulle organiseras med en personalstyrka på 24 personer uppdelade på tre patruller, en i vardera hamn. Man förflyttade sig mellan hamnområdets olika delarna på cyklar, men under luftskyddstillstånd var det bestämt att en droskbil skulle ställas till förfogande för hamnchefen.
Personalen som fick utbildning i brandtjänst och sjukvård var till största delen hamnarbetare och före detta sjömän med vana att vistas och utföra arbeten ombord på fartyg och i hamnar, något som borgade för att luftskyddet skulle tillgodoses på bästa tänkbara sätt.
I planläggningen ingick att vid luftskyddstillstånd så skulle ett antal fartyg rekvireras och ställas i beredskap. Ångaren Ejdern som ägdes av kaptenen Johan Richard Fredmark var ett av dessa, och skulle fungera som ett bärgnings- och hjälpfartyg samt även användas vid sanering av andra fartyg och passagerare som utsatts för stridsgaser. Ejdern skulle stationeras till Uthamnen.
Bogserbåten Ran tillhörande Igelsta Ångsåg AB och skulle rekvireras till Mälarhamnen och användas till liknande uppgifter som Ejdern.
Bogsermotorbåten Putte som också tillhörde Igelsta Ångsåg AB skulle användas som flodspruta, där en motorbrandpump skulle monteras vid höjt beredskapsläge, för att kunna släcka eld och länspumpa vid behov. I de olika hamnarna fanns också beredskapsmaterial för läcktätning, bland annat så hade sjutton stycken presenningar införskaffats för detta ändamål. I Uthamnen fanns ett skjul med slangkärra, brandslang osv.
Hamnkaptenen förfogade inte över dykare, vilket med stor sannolikhet skulle ha behövts vid ett skarpt läge, men skulle vid luftskyddstillstånd bistås av Kanalverket som redan i fredstid hade fullt utrustade dykare.
Staten hade vid den här tiden ett reservförråd på 4 000 kubikmeter pannbrännolja som förvarades uppdelat på fyra stycken cisterner som stod ovan mark i oljehamnen. Hamnkaptenen tyckte att cisternerna borde skyddas med en jordvall, eller helst med ett betongvalv mot sjösidan för att vid ett bombanfall förhindra att oljan skulle rinna ut i vattnet, något som allvarligt hade skadat samtliga hamnar. Statens Reservförrådsnämnd som ansvarade för lagringen, avfärdade dock hamnkaptenens förslag, då man tyckte att det var onödigt, eftersom oljan inte var speciellt eldfarlig. Miljöaspekten tog man inte fasta på alls.
En annan, ganska udda vara som förrådsnämnden beredskapslagrade i Uthamnen under andra världskriget var drygt 1 000 ton bomull.
Mörkläggning viktigt även i hamnarna
En mycket viktigt detalj även för sjöfarten var mörkläggning som skulle försvåra orientering i mörker för fientligt flyg. Mörkläggning gick ut på att ytterbelysningar i största möjliga mån skulle hållas släckt. Fordon, trafiksignaler m.m skulle dämpas ned och eller skärmas av. Inomhus var det fastighetsägaren eller lägenhetsinnehavarens ansvar att skärma av fönster. Detta planerades i fredstid, och så kallad fullständig mörkläggning skulle ske vid luftskyddstillstånd. Det var hamntjänstemännens uppgift att kontrollera fartygen som befann sig inom hamnområdet vid ett eventuellt luftskyddslarm. Kontrollen utfördes av patrullerande motorbåtar, och förmedlade förbindelse mellan fartygen som låg till ankar och land. När det gällde mörkläggning i bostadshusen vid Uthamnen så gick hamnens befattningshavare runt i husen och gjorde anteckningar om hur mörkläggningen var utförd samt lämnade direktiv till de boende.
Övriga planer
Två stycken signalflaggor fanns att tillgå för att kunna använda som larmsignal. Flaggorna var två meter långa och försedda med bokstaven ”L”. Dessa var under luftskyddstillstånd påknopade, och förvarades i speciella flagglådor som var monterade på sjutton meter höga stänger för att kunna hissas utan dröjsmål.
Om ett fartyg hade blivit nedgasat (utsatt för stridsgaser), var det planerat att det skulle kunna förläggas vid Uthamnens befintliga träbrygga, där landfästet försetts med taggtrådsstängsel och grindar för att kunna stängas av och saneras. Även Mälarhamnen hade beredskap att ta emot nedgasade fartyg. Förläggning hade ordnats hos Vin & Spritcentralens brygga, som också var helt inhägnad. Där fanns också en särskild avsedd avdelning med dusch etc, vilket var lämpligt om behov uppstod att sanera nedgasade personer. Saltsjöhamnen hade däremot inga möjligheter att ta emot fartyg som blivit nedgasade.
Tillträdesförbud och bevakning av hamnarna
I oktober 1939 beslutade länsstyrelsen om att tillträdesförbud skulle råda för utlänningar vid de bägge hamnarna Uthamnen och Mälarehamnen. För att förbudet skulle kunna upprätthållas inhägnades dem med staket. Uthamnen bevakades av militär personal. Från början hade bevakningspersonalen förläggning i ett mindre rum i hamnbyggnadens bottenvåning, som egentligen var kranverkstad. Där gjorde man i ordning fem sovplatser, men efter ett besök av en general utdömdes detta, eftersom utrymmet ansågs vara för litet. Staden ålades att ordna en annan förlängningslokal, vilket gjordes en bit utanför det inhängande området i ett hus som staden ägde på den f.d. Stinnerska tomten. En vänlig hyresgäst på nedre botten lät militären flytta in i två rummen, medan han själv höll till i ett litet rum och kök givetvis mot hyresavdrag. våren 1941 ville hyresgästen ha tillbaka de uthyrda rummen, samtidigt som önskemål fanns från militärt håll att ha en förläggning inne på hamnområdet. Lösningen blev ett litet trähus på fyra gånger sex meter som hamnpersonalen byggde i egen regi.
Hamnarnas skyddsrum
Skyddsrum för hamnarna var en högt prioriterad fråga år 1939 och riksdagen beslutade därför att ge två tredjedelar i stadsbidrag för anläggningskostnaderna. För att få ta del av stadsbidraget, behövde kommunen lämna in en plan för skyddsrummet med kostnadsberäkning till Luftskyddsinspektionen för granskning. Därefter när planen återställts till kommunen med erinringar eller förslag som man från Luftskyddsinspektionen kan ha hittat, meddelades hur stort anslag av stadsmedel som kommunen kunde få del av. Luftskyddsinspektionen beslutade också vilka skyddsrum som var viktiga att bygga i fredstid.
Hamnarnas skyddsrum skulle beräknas för de besättningsmän som i fredstid normalt låg vid kaj samt personalen som arbetade i hamnen och tjänstgjorde vid luftskyddet. Skyddsrummen skulle om möjligt ligga mellan 100 och 300 meter från fartygen men om det var nödvändigt kunde de ligga närmare. Helst skulle de vara fullträffsäkra, men behövde inte vara gasskyddade, då personalen beräknades ha gasmasker i sin personliga utrustning. Skyddsrummen behövde inte heller ha luftrenare eller torrklosetter, då uppehållet i skyddsrummet beräknades bli av kort varaktighet. Av samma skäl kunde man enligt anvisningarna också nöja sig med ett utrymme på minst 0,25 m2 per person i ett skyddsrum avsett för hundra personer.
Två av hamnarna i Södertälje fick skyddsrum under år 1940. För Mälarehamnen placerades ett i grusgropen som låg i kvarteret Strykjärnet. Det skulle även tillgodose gasverkets personal och rymma 100 personer. När det gällde Uthamnen skrev hamnkaptenen Carlsson i december 1939 till Luftskyddsinspektionen att skyddsrummet borde förläggas till en sandkulle som låg 165 meter från den mest avlägsna delen av hamnen.
Bägge av dessa var av en betongblock konstruktion. Delarna tillverkades centralt på lämpliga ställen i landet och transporterades sjövägen. Skyddsrummet kunde byggas upp på kort tid. Det skulle skydda mot fullträffar av mindre bomber samt splitter. Om det kringgärdades med en mantel av stenmateriel, skulle det även skydda mot större bomber.